Der spanische Untersuchungsrichter Báltasar Garzón hatte schon seit längerem gegen Pinochet wegen Völkermord, Staatsterrorismus und Folter ermittelt, da auch spanische Staatsbürger unter den Opfern der Militärdiktatur waren. Während Pinochets Aufenthalt in London stellte Spanien daher ein Auslieferungsbegehren, aufgrund dessen Pinochet am 16. Oktober von der britischen Polizei in London verhaftet wurde.

Die Verhaftung löste in Chile Unruhen aus. Das Land war tief gespalten in Pinochet-Gegner und -Anhänger. Präsident Eduardo Frei Ruiz-Tagle forderte die Freilassung Pinochets, angeblich um ihn vor ein chilenisches Gericht zu bringen.

Auch die Schweiz hatte ein Auslieferungsgesuch gestellt. Das spanische Gesuch hatte Priorität, doch wenn Spanien es zurückgezogen hätte, wäre Pinochet für das Verschwinden des Schweizers Alexi Jaccard eventuell an die Schweiz ausgeliefert worden. Alexi Jaccard wurde – mutmaßlich im Auftrag Pinochets – in Argentinien verhaftet und ist dort „verschwunden“.

Seine Haft in England verbrachte Pinochet unter sehr komfortablen Bedingungen unter Hausarrest. Er durfte unbegrenzt Besuch empfangen; unter anderem ließ er zu Weihnachten extra einen Priester aus Chile einfliegen.

Das britische Urteil, ob Pinochet nach Spanien ausgeliefert werden sollte oder nicht, folgte nicht sofort. Es gab ein langes Tauziehen zwischen England, Spanien, Chile und weiteren Ländern, die ein Auslieferungsgesuch gestellt hatten. Das waren neben der Schweiz auch Frankreich und Belgien.

Im November 1998 kam es zu einem ersten Urteil, wonach Pinochet die Immunität verloren hätte. Dieses Urteil wurde wegen möglicher Befangenheit eines der Richter aufgehoben, der Verbindungen zu der Menschenrechtsorganisation Amnesty International hatte, die als Nebenklägerin gegen Pinochet auftrat. In einer zweiten Verhandlung im März 1999 entschied das Gericht, dass Pinochet keine diplomatische Immunität besitze. Jedoch dürfte er nicht für Taten vor 1988 belangt werden, da Großbritannien erst 1988 einer Anti-Folterkonvention beigetreten ist. Außerdem wurden viele Anklagepunkte der spanischen Justiz verworfen.

Im April 1999 entschied der britische Innenminister Jack Straw, dass Pinochet an Spanien ausgeliefert werden dürfe. Die chilenische Regierung bat London daraufhin, Pinochet aus humanitären Gründen freizulassen. Die Regierung in Santiago führte das hohe Alter und den schlechten Gesundheitszustand Pinochets als Argumente an. Auch die USA forderte die Freilassung Pinochets, angeblich aus Angst vor weiteren Enthüllungen über die Verwicklung Amerikas in die Menschenrechtsverletzungen unter Pinochets Herrschaft. Ebenso machte sich der Vatikan für eine Freilassung des Katholiken Pinochet stark.

Nach Prüfung der Gesundheit Pinochets wurde ihm eine schwere Erkrankung attestiert. Er wurde auf Entscheidung von Jack Straw am 2. März 2000 freigelassen und kehrte sofort nach Chile zurück, wo er relativ gesund wirkend von begeisterten Anhängern empfangen wurde. Zur Zeit steht er dort wieder unter Hausarrest.

Aufarbeitung der Menschenrechtsverletzungen

Die Causa Pinochet

Ende 1998 lässt der spanische Sonderstaatsanwalt Baltazar Garzón Augusto Pinochet in einem Krankenhaus in London festnehmen, um ihn wegen Verbrechen an spanischen Bürgern zu belangen. Ein langwieriges Tauziehen über die Verhandlungsfähigkeit des Ex-Diktators beginnt.

Am 3. März 2000 kehrt Pinochet nach Chile zurück und wird mit militärischen Ehren empfangen. Menschenrechtsgruppen und die Angehörigen der Opfer von Pinochets Diktatur antworteten mit Protesten und Mahnwachen, allerdings gibt es auch Solidaritätskundgebungen mit mehreren Hundert Teilnehmern. Zwei Tage später entzieht das Berufungsgericht in Santiago auf Antrag des Ermittlungsrichters Juan Guzmán Tapia mit 13:9 Stimmen Pinochet seine Immunität. Es geht um die so genannte „Todeskarawane“, den Mord an 75 Regimegegnern im Oktober 1973, von denen 18 Leichname noch nicht aufgetaucht sind und die deshalb nicht unter das Amnestiegesetz von 1978 fallen. Eine Spezialeinheit der Armee unter dem Kommando des Generals Arellano Stark, dem Delegierten Pinochets, hatte die Menschen ermordet.

Am 1. Dezember 2000 leitet Guzmán überraschend das Verfahren ein. Am 5. Januar 2001 veröffentlicht das Militär einen Bericht, in dem sie erstmals das Schicksal der Verschwundenen untersuchen (allerdings nur von 200 von mehr als 1100): Angeblich wurden von den 18 Leichnamen 17 über dem Meer abgeworfen, was sich allerdings nicht belegen lässt. Die Militärs verlangen trotzdem die Einstellung nach dem Amnestiegesetz.

Die Anwälte setzten trotzdem weiter auf die Prozessunfähigkeit. Am 18. Januar attestiert ein Ärzteteam „subkortikale, gefäßbedingte Demenz“ – in Chile (anders als in Großbritannien) zu wenig für eine Verfahrensunfähigkeit. Am 29. Januar erhebt Guzmán Anklage, und löst eine Solidaritätswelle unter Generälen und RN- und UDI-Politikern aus. Am 12. März kommt Pinochet gegen eine Kaution von 2.000.000 Pesos (etwa 3.500 Euro) frei. Im Juli 2001 erklärt ein Gericht Pinochet für nicht verhandlungsfähig. Damit ist das endgültige Ende der juristischen Verfolgung Pinochets wegen Menschenrechtsverletzungen beschlossen. Allerdings bedeutet das gleichzeitig das Ende der politischen Karriere als Senator auf Lebenszeit. Am 15. September 2005 wurde die Aufhebung der Immunität von Pinochet durch das Oberste Gericht bestätigt.

Kommission über die Folterung

Am 30. November 2004 veröffentlichte die staatliche chilenische Comisión Nacional sobre Prisión Política y Tortura (etwa: Nationale Kommission für politische Inhaftierung und Folter) ihren Bericht über die Greueltaten des Pinochet-Regimes. In dem Bericht wird belegt, dass Menschen einfach aufgrund des Verdachts „links“ zu sein, von der Geheimpolizei verschleppt, gefoltert und getötet wurden. Es wird ebenfalls belegt, dass die Folterungen regimeweit eingesetzt wurden und keinesfalls Ausnahmen waren: sämtliche Teilstreitkräfte der Armee und alle Sicherheitsorgane – Polizei und Geheimdienste – waren beteiligt. Ebenso legt der Report dar, dass die Foltermethoden im Laufe der Zeit ständig weiterentwickelt wurden.

Operation Condor

Am 14. Dezember 2004 erhob der zuständige Untersuchungsrichter in Santiago de Chile, Juan Guzmán, Anklage wegen Entführung von neun Personen (im Rahmen der Operation Condor) und Mord bei einem der Entführungsopfer und wegen der Ermordung von 119 Regimegegnern im Jahr 1975.

Pinochets Sichtweise

Die Pinochet-Stiftung verbreitete Ende 1998 eine Erklärung General Pinochets, er habe niemals jemandem den Tod gewünscht, und er empfinde Schmerz für jeden Chilenen, der in diesen Jahren sein Leben verloren habe. Er rechtfertigt seinen Militärputsch gegen Salvador Allende damit, dass die Bevölkerung an die Kasernentore klopfte. Es sei keineswegs eine Musterdemokratie zerstört worden. Vielmehr sei Chile davor bewahrt worden, in die Abhängigkeit der Sowjetunion zu geraten. Er habe das Land vor einem Bürgerkrieg gerettet. Diejenigen, die damals für alle Übel verantwortlich gewesen seien und den Marxismus gepredigt hätten, würden sich heute zu seinen Richtern aufschwingen.

Nach seiner Verhaftung sagte Pinochet selber: „Die Geschichte lehrt uns, dass Diktatoren nie ein gutes Ende finden.“

Korruption und Steuerhinterziehung

2005 wurde bekannt, dass der britische Luftfahrt- und Waffenkonzern British Aerospace (BAe) insgesamt 1,1 Millionen Pfund (rund 1,5 Millionen Euro) im Zeitraum zwischen Dezember 2004 und Oktober 2005 an Pinochet gezahlt haben soll. Im Gegenzug habe Pinochet Waffenverträge vermittelt. Das Geld wurde mit vierzehn Überweisungen an Pinochet zugeordnete Firmen - Takser Investment, Cornwall Overseas Corporation und Eastview Finance - gezahlt. Nachdem bekannt wurde, dass er Millionen von US-Dollars verdeckt im Ausland angelegt hatte, sank sein Ansehen auch in konservativen Kreisen. Momentan laufen Prozesse wegen Steuerhinterziehung und Untersuchungen zum Korruptionsverdacht.

Tod

Pinochet empfing bereits am 3. Dezember 2006 gegen 2 Uhr morgens nach einemn schweren Herzinfarkt die Krankensalbung. Der Gesundheitszustand wurde auch nach einer Bypass-Operation als extrem kritisch eingestuft. Zusätzlich machten dem Ex-Diktator seine Zuckerkrankheit und seine schwache Lunge zu schaffen. Am 10. Dezember 2006 erlag er seiner Erkrankung.

Am Todestag kam es in Santiago de Chile zu Unruhen durch Kundgebungen von Gegnern und Anhängern Pinochets. Präsidentin Bachelet erlaubte Streitkräften und militärischen Einrichtungen, die Flaggen auf Halbmast zu setzen, lehnte aber das von Anhängern Pinochets geforderte Staatsbegräbnis für den ehemaligen Präsidenten und eine entsprechende dreitägige Staatstrauer ab. Die konservative Opposition unter Sebastián Piñera schloss sich dieser Entscheidung an. Menschenrechtsgruppen bedauerten nachdrücklich, dass es vor seinem Tod zu keiner Verurteilung Pinochets gekommen war und forderten, die anhängigen Ermittlungsverfahren, u.a. auch in Großbritannien und Spanien auch nach seinem Tod fortzusetzen.