Di fronte alle misure per la collettivizzazione forzata delle campagne aumentò vertiginosamente il flusso delle emigrazioni verso ovest. La SED richiedeva con sempre più insistenza che l’Unione Sovietica intervenisse per favorire la soluzione del problema del confine aperto. Di fronte all’opinione pubblica il governo tedesco-orientale negò fino alla fine di avere l’intenzione di costruire un muro. Tuttavia dopo il fallimento degli incontri di Vienna tra Chruscëv e Kennedy nel giugno del 1961, l’Unione Sovietica assecondò la richiesta del regime della DDR e accordò il permesso di costruire il muro. Nel corso della notte tra il 12 e il 13 agosto 1961 le truppe della DDR, con il contributo di gruppi di civili, chiusero il confine con Berlino ovest con filo spinato, sostituito nei giorni successivi da un vero e proprio muro. Le potenze occidentali non reagirono, poiché la SED non aveva violato il territorio di loro competenza.

Il governo della SED glorificò la funzione del muro di Berlino, definendolo "baluardo di difesa antifascista" e festeggiò il 13 agosto 1961 come giorno della seconda fondazione dello stato. La costruzione del muro di Berlino, pur non segnando l’inizio dello sviluppo socialista, come usava affermare la storiografia tedesco-orientale, rappresentò una profonda cesura nella storia della DDR. Dal 1961 la DDR si trovò integralmente aldilà della cortina di ferro e poté finalmente lavorare in modo "indisturbato" alla costruzione di uno stato conforme al sistema sovietico. 

La chiusura del confine risolse nell’immediato il problema del dissanguamento economico del paese, ma aggravò il problema dei diritti civili nella Repubblica Democratica. Diventò sempre più difficile lasciare la DDR e numerosi cittadini (oltre duecento) furono uccisi mentre cercavano di oltrepassare il muro di Berlino. Il muro di Berlino divise numerose famiglie che fino al 13 agosto 1961 avevano potuto approfittare del confine aperto per visitare i propri congiunti aldilà della cortina di ferro. Nei ventotto anni di esistenza del muro furono architettati i piani più ingegnosi per ricongiungere (generalmente all’ovest) famiglie e legami lacerati dalla chiusura del confine. Ad esempio due studenti italiani furono i primi ad avere l’idea di scavare un tunnel per far scappare alcuni amici da Berlino est.

Il "muro della vergogna" non fu solo frutto dell’arbitrio della SED, ma fu anche la tragica conseguenza della guerra fredda. Alcuni intellettuali anche occidentali non avvertirono subito la gravità della decisione del regime tedesco-orientale e la considerarono una misura necessaria per la sopravvivenza della DDR e del progetto della costruzione del socialismo. Perciò il muro rappresentò per molti una tragedia, ma una tragedia inevitabile.
Per lo stesso motivo gli intellettuali della DDR non criticarono la decisione del regime e sperarono, anzi, che la chiusura del confine avrebbe potuto permettere uno sviluppo più democratico del paese. Anche lo stesso Wolf Biermann, che dal 1962 scrisse numerose canzoni e poesie contro il muro, il 13 agosto 1961 non criticò la decisione della SED, perché allora "il mantello della storia sventolò" anche davanti ai suoi occhi, oscurandogli la vista.