Werner Best, född 10 juli 1903 i Darmstadt, Tyskland, död 23 juni 1989 i Mülheim an der Ruhr, var en tysk nazistisk politiker, jurist. Riksfullmäktig i det av Nazityskland ockuperade Danmark 1942-1945.

Best inträdde i NSDAP 1930. Följande år blev han medlem av SS och steg snabbt i graderna; han slutade som SS-Obergruppenführer. Tillsammans med bland andra Reinhard Heydrich sammanställde Best listan över dem som skulle likvideras under de långa knivarnas natt 1934.

När RSHA grundades 1939, blev Best chef för dess Amt I med ansvar för SD:s personal och administration. Han blev tillika Heydrichs ställföreträdare.

I november 1942 utnämndes Best till riksfullmäktig i det av Nazityskland ockuperade Danmark. Han krävde att den slutgiltiga lösningen skulle nå även Danmark, men merparten av de danska judarna hann fly till Sverige. Efter andra världskriget arresterades Best av allierade styrkor, och ställdes inför rätta i Danmark. Han dömdes 1948 till döden, men straffet omvandlades till 12 års fängelse. Han frisläpptes dock redan 1951.